Τα πεπτίδια είναι μικρές αλυσίδες αμινοξέων ανάμεσα σε κλασικές δραστικές ουσίες και αντισώματα: αρκετά μεγάλα για ειδική βιολογική δραστηριότητα, αρκετά μικρά για αναπαραγώγιμη σύνθεση.
Τα 20 κανονικά αμινοξέα αποτελούν το λεξιλόγιο κάθε φυσικής πεπτιδικής αλληλουχίας. Κάθε ένα διαθέτει κοινό σκελετό και διαφέρει ως προς την πλευρική αλυσίδα του.
Μη κανονικά δομικά στοιχεία, όπως τα D-αμινοξέα, η Hyp ή το Aib, διευρύνουν τη σταθερότητα, τον χρόνο ημιζωής και τον έλεγχο της διαμόρφωσης.
Σχηματίζουν τον υδρόφοβο πυρήνα· η Pro διακόπτει τις α-έλικες και σταθεροποιεί τις β-στροφές.
π-Stacking και απορρόφηση UV στα 280 nm, βάση της ανίχνευσης HPLC.
Δεσμοί υδρογόνου· η Cys επιτρέπει δισουλφιδικές γέφυρες.
Γέφυρες άλατος και πρωτονίωση που εξαρτάται από το pH.
Σταθερότητα, χρόνος ημιζωής και διαπερατότητα μεμβράνης.
Ο πεπτιδικός δεσμός σχηματίζεται με συμπύκνωση της ομάδας α-COOH με την ομάδα α-NH₂ του επόμενου αμινοξέος. Ο επίπεδος αμιδικός σκελετός καθορίζει τη διαμόρφωση.
Οι δίεδρες γωνίες Φ και Ψ καθορίζουν τη δευτεροταγή δομή. Το διάγραμμα Ramachandran απεικονίζει τους επιτρεπτούς συνδυασμούς.
Προστατεύει τα άκρα έναντι αποικοδόμησης από εξωπεπτιδάσες.
Οι πρωτεάσες δεν αναγνωρίζουν τη D-διαμόρφωση στις θέσεις διάσπασης.
Η σύνδεση κεφαλής-ουράς ή οι δισουλφιδικές γέφυρες σταθεροποιούν τη δομή.
Οι άγκυρες λιπαρών οξέων παρατείνουν τον χρόνο ημιζωής μέσω λευκωματίνης ορού.
Η σύνθεση πεπτιδίων σε στερεά φάση (SPPS) αγκυρώνει την αναπτυσσόμενη αλυσίδα σε ρητίνη πολυμερούς. Ανά κύκλο: αποπροστασία και σύζευξη του επόμενου Fmoc-αμινοξέος.
Πρώτο αμινοξύ σε ρητίνη Wang ή Rink-αμιδίου. Πυκνότητα φόρτισης 0,2–0,8 mmol/g.
Απομάκρυνση Fmoc με πιπεριδίνη σε DMF.
Ενεργοποίηση με HBTU/HATU ή DIC/Oxyma.
Διάσπαση με TFA από τη ρητίνη και τις προστατευτικές ομάδες των πλευρικών αλυσίδων.
Στερεά φάση, η αλληλουχία αναπτύσσεται στη ρητίνη.
Κλίμακα από γραμμάρια έως κιλά.
Κλείσιμο δακτυλίου για σταθερότητα.
Διαμόρφωση ανθεκτική στις πρωτεάσες.
Πρόσδεση στη λευκωματίνη και παράταση του χρόνου ημιζωής.
Συζεύγματα φαρμάκου-λευκωματίνης μέσω Cys-μαλεϊμιδίου.
RP-HPLC σε C18 για καθαρότητα.
Λυοφιλιωμένο υπό προστατευτικό αέριο.
Χρωματογραφία, φασματομετρία μάζας, έλεγχος βαρέων μετάλλων και μικροβιολογική ασφάλεια παρέχουν πλήρη εικόνα της παρτίδας.
Αντίστροφη φάση με ανίχνευση UV για καθαρότητα και ταυτότητα.
Μοριακό βάρος και κατακερματισμός.
Βαρέα μέταλλα σε επίπεδο ppb.
Μικροβιολογική ασφάλεια κατά USP.